MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/8200/07 complete genome

Total Repeats: 20291

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020945	AGG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470270
2	NC_020945	GGAT	2	8	57	64	25 %	25 %	50 %	0 %	478470270
3	NC_020945	TAA	3	9	93	101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470270
4	NC_020945	AGT	2	6	168	173	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470270
5	NC_020945	GA	3	6	212	217	50 %	0 %	50 %	0 %	478470270
6	NC_020945	AAG	2	6	324	329	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470270
7	NC_020945	CAA	2	6	338	343	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470270
8	NC_020945	AGT	2	6	364	369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470270
9	NC_020945	GTG	2	6	380	385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470270
10	NC_020945	GGGA	2	8	394	401	25 %	0 %	75 %	0 %	478470270
11	NC_020945	CAG	2	6	413	418	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470270
12	NC_020945	GCT	2	6	532	537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470270
13	NC_020945	AGTG	2	8	544	551	25 %	25 %	50 %	0 %	478470270
14	NC_020945	ATT	2	6	557	562	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470270
15	NC_020945	TGGC	2	8	578	585	0 %	25 %	50 %	25 %	478470270
16	NC_020945	GCC	2	6	601	606	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	478470270
17	NC_020945	TGC	2	6	660	665	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470270
18	NC_020945	ATT	2	6	672	677	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470270
19	NC_020945	CGA	2	6	694	699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470270
20	NC_020945	TAT	2	6	836	841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470270
21	NC_020945	AG	3	6	844	849	50 %	0 %	50 %	0 %	478470270
22	NC_020945	GAA	2	6	883	888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470270
23	NC_020945	AGA	2	6	912	917	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470270
24	NC_020945	AGA	2	6	966	971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470270
25	NC_020945	CAA	2	6	1039	1044	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470270
26	NC_020945	AATG	2	8	1063	1070	50 %	25 %	25 %	0 %	478470270
27	NC_020945	TTG	2	6	1182	1187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470270
28	NC_020945	CTC	2	6	1211	1216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478470270
29	NC_020945	GAT	2	6	1273	1278	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470270
30	NC_020945	GAT	2	6	1327	1332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470270
31	NC_020945	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478470270
32	NC_020945	ATG	2	6	1390	1395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470270
33	NC_020945	CTAT	2	8	1397	1404	25 %	50 %	0 %	25 %	478470270
34	NC_020945	CTT	2	6	1610	1615	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470270
35	NC_020945	CAG	2	6	1675	1680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470270
36	NC_020945	ATG	2	6	1933	1938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470271
37	NC_020945	GTG	2	6	1939	1944	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470271
38	NC_020945	TCC	2	6	1948	1953	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478470271
39	NC_020945	AGC	2	6	1962	1967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470271
40	NC_020945	T	6	6	1981	1986	0 %	100 %	0 %	0 %	478470271
41	NC_020945	AGC	2	6	1989	1994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470271
42	NC_020945	AAG	2	6	2000	2005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470271
43	NC_020945	TAC	2	6	2038	2043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470271
44	NC_020945	GCT	2	6	2048	2053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470271
45	NC_020945	AGTA	2	8	2086	2093	50 %	25 %	25 %	0 %	478470271
46	NC_020945	AAC	2	6	2146	2151	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470271
47	NC_020945	AGA	2	6	2158	2163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470271
48	NC_020945	AGA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470272
49	NC_020945	ATC	2	6	2421	2426	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470272
50	NC_020945	TGC	2	6	2441	2446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470272
51	NC_020945	ATGA	2	8	2490	2497	50 %	25 %	25 %	0 %	478470272
52	NC_020945	GATA	2	8	2528	2535	50 %	25 %	25 %	0 %	478470272
53	NC_020945	CAT	2	6	2565	2570	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470272
54	NC_020945	AGA	2	6	2594	2599	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470272
55	NC_020945	AAG	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470272
56	NC_020945	GGA	2	6	2658	2663	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470272
57	NC_020945	AG	3	6	2750	2755	50 %	0 %	50 %	0 %	478470273
58	NC_020945	ATC	2	6	2787	2792	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470273
59	NC_020945	TC	3	6	2831	2836	0 %	50 %	0 %	50 %	478470273
60	NC_020945	ATA	2	6	2937	2942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470273
61	NC_020945	AAC	2	6	2962	2967	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478470273
62	NC_020945	GGT	2	6	3016	3021	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470273
63	NC_020945	AAT	2	6	3122	3127	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470273
64	NC_020945	TTC	2	6	3157	3162	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470273
65	NC_020945	GCA	2	6	3176	3181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470273
66	NC_020945	GGA	2	6	3224	3229	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470273
67	NC_020945	CAG	2	6	3243	3248	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470273
68	NC_020945	GTT	2	6	3260	3265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470273
69	NC_020945	GGT	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470273
70	NC_020945	GA	3	6	3418	3423	50 %	0 %	50 %	0 %	478470273
71	NC_020945	T	6	6	3425	3430	0 %	100 %	0 %	0 %	478470273
72	NC_020945	AAG	2	6	3510	3515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470273
73	NC_020945	ATT	2	6	3572	3577	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470273
74	NC_020945	TTG	2	6	3624	3629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470273
75	NC_020945	CATG	2	8	3706	3713	25 %	25 %	25 %	25 %	478470273
76	NC_020945	AAG	2	6	3735	3740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470273
77	NC_020945	AAG	2	6	3750	3755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470273
78	NC_020945	CAG	2	6	3792	3797	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470273
79	NC_020945	GCT	2	6	3863	3868	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470273
80	NC_020945	TGTGA	2	10	3878	3887	20 %	40 %	40 %	0 %	478470273
81	NC_020945	TTCC	2	8	4011	4018	0 %	50 %	0 %	50 %	478470273
82	NC_020945	AAG	2	6	4029	4034	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470273
83	NC_020945	CAG	2	6	4079	4084	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470273
84	NC_020945	GGA	2	6	4166	4171	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470273
85	NC_020945	AAT	2	6	4176	4181	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478470273
86	NC_020945	TTGAA	2	10	4234	4243	40 %	40 %	20 %	0 %	478470274
87	NC_020945	ATT	2	6	4256	4261	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470274
88	NC_020945	TGA	2	6	4286	4291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470274
89	NC_020945	TTTA	2	8	4409	4416	25 %	75 %	0 %	0 %	478470274
90	NC_020945	GTA	2	6	4518	4523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470274
91	NC_020945	GAGAA	2	10	4528	4537	60 %	0 %	40 %	0 %	478470274
92	NC_020945	AGA	2	6	4565	4570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470274
93	NC_020945	ATCC	2	8	4709	4716	25 %	25 %	0 %	50 %	478470274
94	NC_020945	GAA	2	6	4749	4754	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470274
95	NC_020945	CGT	2	6	4881	4886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470274
96	NC_020945	A	7	7	4925	4931	100 %	0 %	0 %	0 %	478470274
97	NC_020945	GTT	2	6	4932	4937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470274
98	NC_020945	GAAAA	2	10	4965	4974	80 %	0 %	20 %	0 %	478470274
99	NC_020945	A	7	7	4971	4977	100 %	0 %	0 %	0 %	478470274
100	NC_020945	TGA	2	6	5069	5074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470274
101	NC_020945	AT	3	6	5111	5116	50 %	50 %	0 %	0 %	478470274
102	NC_020945	TTACA	2	10	5120	5129	40 %	40 %	0 %	20 %	478470274
103	NC_020945	TTG	2	6	5164	5169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470274
104	NC_020945	TTC	2	6	5305	5310	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470274
105	NC_020945	TCT	2	6	5397	5402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470274
106	NC_020945	AGA	2	6	5417	5422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470274
107	NC_020945	GTT	2	6	5444	5449	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478470274
108	NC_020945	GACG	2	8	5456	5463	25 %	0 %	50 %	25 %	478470274
109	NC_020945	GGT	2	6	5492	5497	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470274
110	NC_020945	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478470274
111	NC_020945	TTGG	2	8	5559	5566	0 %	50 %	50 %	0 %	478470274
112	NC_020945	CTC	2	6	5596	5601	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478470274
113	NC_020945	AGC	2	6	5627	5632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470274
114	NC_020945	ATT	2	6	5746	5751	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478470275
115	NC_020945	TCT	2	6	5764	5769	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478470275
116	NC_020945	GCT	2	6	5810	5815	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470275
117	NC_020945	GTCTT	2	10	5816	5825	0 %	60 %	20 %	20 %	478470275
118	NC_020945	GAT	2	6	5845	5850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478470275
119	NC_020945	TC	3	6	5861	5866	0 %	50 %	0 %	50 %	478470275
120	NC_020945	GA	3	6	5872	5877	50 %	0 %	50 %	0 %	478470275
121	NC_020945	ACG	2	6	5883	5888	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478470275
122	NC_020945	GAA	2	6	5907	5912	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470275
123	NC_020945	TGGA	2	8	5920	5927	25 %	25 %	50 %	0 %	478470275
124	NC_020945	AT	3	6	5976	5981	50 %	50 %	0 %	0 %	478470275
125	NC_020945	AGA	3	9	5984	5992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470275
126	NC_020945	GCT	2	6	5993	5998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478470275
127	NC_020945	AGA	2	6	6002	6007	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470275
128	NC_020945	TGG	2	6	6038	6043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478470275
129	NC_020945	AGA	3	9	6056	6064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478470275
130	NC_020945	GGA	2	6	6065	6070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470275
131	NC_020945	TG	3	6	6129	6134	0 %	50 %	50 %	0 %	478470275
132	NC_020945	T	6	6	6207	6212	0 %	100 %	0 %	0 %	478470275
133	NC_020945	TCA	2	6	6250	6255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478470275
134	NC_020945	GGA	2	6	6287	6292	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478470275
135	NC_020945	CTTT	2	8	6297	6304	0 %	75 %	0 %	25 %	478470275
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